Moodle ofrece diferentes formatos de cursos tanto estándar como contribuidos por terceros.
- Formato semanal: El curso se organiza semana por semana y cada sección tiene un encabezado de fecha. Moodle creará una sección para cada semana de su curso. Se puede agregar contenido, foros, cuestionarios, y otras actividades y recursos en cada sección semanal.
- Formato de temas: El curso está organizado en secciones temáticas a las que el profesor puede asignar títulos. Cada sección del tema contiene igualmente actividades, recursos, etiquetas… En las nuevas instalaciones de Moodle, éste es el formato predeterminado.
- Formato social: Este formato está estructurado alrededor de un foro principal, el foro social, que aparece en la lista de la página principal.
- Formato de actividad única: El formato de actividad única tiene una sola sección, y le permite al profesor agregar una única actividad al curso.